Потери воды очень велики, особенно на маленьких установках, где невозможно осуществить сложную технологическую схему экономии воды;
Мембраны для обратного осмоса очень чувствительны к загрязнениям частицами, коллоидными фазами и высокомолекулярными веществами. Существует тест, который позволяет опытным путем определить загрязняющие свойства сырой воды. Это тест на индекс забивания фильтра, который показывает, при какой скорости вода блокирует фильтр с порами 0,45 мкм. Его должен проводить опытный лаборант. Следует принимать во внимание сезонные и прочие изменения качества воды, которые могут привести к загрязнениям. Предварительная обработка воды перед поступлением на мембрану всегда является сложной и рискованной: если она не приводит к нужным результатам, происходит быстрое загрязнение всей установки с мембраной. При сильном загрязнении процессы очистки мембраны неэффективны, а замена мембраны стоит очень дорого. При использовании сильно загрязненной воды следует избегать применения обратного осмоса за исключением тех случаев, когда его использование крайне необходимо для производства воды сверхвысокой чистоты;
Большинство видов воды требует предварительной обработки, чтобы избежать отложения накипи; используется, например, понижение pH, добавляются реактивы для замедления процесса (гексаметафосфат, фосфонаты или полиакриловые ингибиторы). Действие некоторых соединений еще не совсем понятно, поэтому в какой-то степени это работа наугад;
С02 проходит через мембрану, в то время как бикарбонат-ион не пропускается мембраной, поэтому вода после мембраны имеет кислую реакцию, и может потребоваться коррекция pH.
